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L'origine de ce cimetière remonte au XIIème siècle, installé alors hors les murs de la ville de Paris. Situé à côté des Halles, il était alors décrit comme un cloaque fangeux dans lequel les animaux erraient pour trouver leur nourriture, mais il devint aussi rapidement un lieu de fréquentation des marchands, des écrivains publics, des prostituées et des lingères. Le cimetière tient son nom de l'église voisine aujourd'hui disparue, dédiée aux Saints-Innocents, enfants de Judée massacrés sur l'ordre d'Hérode.

Quand Philippe-Auguste fit fermer Paris d'une nouvelle enceinte à la fin du XIIème siècle, le cimetière fut agrandi, enclos d’un mur de 3 mètres de haut, et englobé dans les nouvelles limites de la ville, devenant ainsi un cimetière intra-muros. Il se présente alors sous la forme d’un rectangle compris sur sa longueur entre les rues aux Fers (actuelle rue Berger) et de la Ferronnerie, sur sa largeur par les rues Saint-Denis et de la Lingerie, c’est à dire une surface sensiblement plus grande que l’actuel square Joachim Du Bellay (ou l'on peut toujours admirer la fontaine aux Innocents). Cinq portes y donnaient accès.

Le cimetière était celui des paroisses de la rive droite, mais également des noyés de la Seine et des morts par épidémies. Les plus modestes se faisaient inhumer dans des fosses qui restaient ouvertes jusqu’à ce qu’elles fussent pleines. Plusieurs fosses étaient ouvertes simultanément, correspondant aux différentes institutions percevant des droits. Elles étaient très nombreuses lors des épidémies de peste noire du XIVème siècle. Pour la bourgeoisie, la sépulture individuelle était la norme. Certains étaient inhumés en cercueil (on a retrouvé des traces de bois et des clous), mais la plupart l’était dans un simple linceul : la terre des Innocents avait la réputation de dissoudre les corps en un temps record !

En raison de l’augmentation démographique, il fallut trouver de la place, et donc un moyen de vider les fosses. C’est l’origine des charniers, qui furent construits entre le XIVe et XVe siècle, et adossés au mur d’enceinte tout autour du cimetière. Les bourgeois de la ville firent édifier ces arcades, souvent pour leur usage personnel (ainsi, Nicolas Flamel fit construire l’une d’entre elles pour le tombeau de sa femme Pernelle). Peintures, fresques et épitaphes fleurirent rapidement, la plus célèbre étant la danse macabre.

Le cimetière comprenait également en son sein différentes chapelles privées, ainsi qu'un reclusoir (occupé essentiellement par des femmes) adossé à l'église du cimetière.

Le cimetière fut supprimé en 1785, et l'année suivante, les ossements furent, de nuit, déblayés des fosses et amenés dans les futures Catacombes créées pour l’occasion. L’exhumation ne se fit qu'à une profondeur d’1m60, ce qui permet d’assurer que de nombreux corps subsistent encore sous la chaussée de l’actuel square. On considère que depuis son ouverture, quelques deux millions de Parisiens y avaient été inhumés.

Rive droite de la Seine à Paris, lorsque le Grand Châtelet avait encore un rôle défensif, se tenait au nord du bâtiment militaire, une des portes de Paris, qui est devenue, avec l'extension rapide de la population et par homonymie, la place de l'Apport.
Cette place fut longtemps le théâtre de commerces de tous genres, avant que celui ci ne s'organise par les Bouchers.
Entre les rues Saint-Jacques et Saint-Denis, à la place de l'actuelle rue de Rivoli, se construisit, avec l'aval du roi, un imposant édifice. Sa situation extra-muros, mais près d'un axe de passage, répondait à une double considération, tant hygiénique, que pratique.
La Grande Boucherie comprenait trois niveaux. En premier lieu, les caves où étaient entreposées des instruments, des détritus et même quelques bonnes bouteilles de vin de Bourgogne. Le rez-de-chaussée était surélevé de trois ou quatre marches et présentait des étals disposés le long de deux allées se coupant à angle droit. La lumière provenait de hautes baies dépourvues de vitres. L'éclairage artificiel était interdit : il pouvait donner un faux aspect aux viandes. Enfin, à l'étage était installée une salle des fêtes, pour les intronisation de la corporation des Bouchers, ainsi qu'une petite chapelle privée.

Il s'agissait sans doute de l'un des lieux de contre-pouvoir les plus importants de Paris, face au Louvre (pouvoir royal) et à Notre Dame ou à la Sorbonne (pouvoir religieux). Les bouchers étaient en effet les marchands les plus riches et les plus puissants de Paris.

L'église attenante à la Grande Boucherie portait d'ailleurs l'empreinte de la puissante corporation : Saint-Jacques-de-la-Boucherie.

Aubry Haussecul, personnage fictif du roman, est un des bouchers qui y travaille, de père en fils depuis plusieurs générations. Son nom provient d'un mélange entre deux personnages historiques : un boucher du XIIIème qui a donné son nom à la rue Aubry-le-Boucher, dans le IVème arrondissement, et un certain Guillaume Haussecul, riche boucher du XVème siècle qui est mentionné dans plusieurs papiers pour avoir fait construire une chapelle attenante à sa boucherie.

Pour aller plus loin, on consultera le très complet site de sur l'histoire de la Grande Boucherie du Châtelet : grande-boucherie.chez-alice.fr